In die Zuständigkeit des Generalsekretariats fallen neben zentralen Aufgaben im Bereich Finanzen und Informatik  z.B. Stellungnahmen zu politischen Vorstössen, Vernehmlassungen und die Koordination von Rechtsetzungsprojekten. Zudem behandeln seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter Aufsichtsbeschwerden und Rekurse gegen Verfügungen der Ämter und gegen Beschlüsse der Gemeinden. Ein weiteres Tätigkeitsfeld ist die Umsetzung des Umweltschutzes innerhalb der Verwaltung und die Koordination der Umweltverträglichkeitsprüfung bei grossen Bauvorhaben.

Das Generalsekretariat ist Ansprechpartner bei Bauvorhaben, die einer kantonalen Bewilligung oder einer Umweltverträglichkeitsprüfung bedürfen. Es behandelt pro Jahr rund 4000 Baugesuche und übernimmt die Koordination der Stellungnahmen aus den zuständigen Ämtern. Damit sorgt es dafür, dass die Kundinnen und Kunden eine Verfügung aus einer Hand erhalten. Als Dienstleister mit dem Ziel, die Bevölkerung zeitgerecht und umfassend über die Tätigkeiten der Baudirektion zu informieren, legt das Generalsekretariat viel Wert auf die Öffentlichkeitsarbeit. Seine Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter beantworten jährlich rund 1200 Medienanfragen und sind auch für die interne Information der Baudirektion mit ihren rund 1600 Mitarbeitenden zuständig.