Gestützt auf das Bundesgesetz über die Steuerreform und die AHV-Finanzierung (STAF) hat der Kanton Zürich auf den 1. Januar 2020 die reduzierte Besteuerung der Gewinne aus Patenten und vergleichbaren Rechten eingeführt. Gemäss §§ 19a und 64b des Steuergesetzes (StG) können Unternehmen die ermässigte Besteuerung von Patentgewinnen geltend machen. Für die Patentbox qualifizieren Reingewinne aus Patenten und vergleichbaren Rechten gemäss § 64a StG. Diese Gewinne können auf Antrag mit einer Ermässigung von 90% in die Berechnung des steuerbaren Reingewinns einbezogen werden. 

Beantragt die steuerpflichtige Person erstmalig die ermässigte Besteuerung für Gewinne aus Patenten und vergleichbaren Rechten, werden die in den zehn vorangegangenen Steuerperioden steuerwirksam abgezogenen Forschungs- und Entwicklungsaufwendungen sowie ein geltend gemachter zusätzlichen Forschungs- und Entwicklungsaufwand nach§ 65a StG zum steuerbaren Reingewinn hinzugerechnet. Für die aufgerechneten Aufwendungen kann eine als Gewinn versteuerte stille Reserve deklariert werden. Um eine solche steuersystematische Realisation des bisherigen Forschungs- und Entwicklungsaufwands im Zeitpunkt des Boxeneintritts zu vermeiden, kann die steuerpflichtige Person die sogenannte Verrechnungslösung wählen. 

Der Reingewinn aus Patenten und vergleichbaren Rechten wird ermittelt, indem der Reingewinn aus den einzelnen Patenten und vergleichbaren Rechten mit dem Nexusquotienten multipliziert wird. Sind die Patente oder vergleichbaren Rechte in Produkten oder Produktefamilien enthalten, ermittelt sich der Reingewinn aus diesen Patenten oder vergleichbaren Rechten nach der Residualmethode. 

Ergibt sich aus der Berechnung des Reingewinns aus Patenten und vergleichbaren Rechten ein Verlust, erfolgt keine ermässigte Besteuerung. Echte Verluste der Patentbox sind auf das Folgejahr vorzutragen. 

Das neue Merkblatt des kantonalen Steueramtes zur Patentbox (ZStB Nr. 64b.1) enthält Erläuterungen zum Eintritt in die Patentbox, zur Berechnung des Reingewinnes aus Patenten und vergleichbaren Rechten, zu den Dokumentationsanforderungen und ein Berechnungsbeispiel.