Michel Bourquin studierte Allgemeine Geschichte, Deutsche Literaturwissenschaft und Deutsche Sprachwissenschaft an der Universität Zürich und erlangte 1996 das entsprechende Lizenziat. 1999 erwarb er das Diplom für das höhere Lehramt in Geschichte und Deutsch.

Bereits während der Ausbildung unterrichtete Michel Bourquin an verschiedenen Mittelschulen des Kantons Zürich. Danach war er von 1999 bis 2001 an der Kantonsschule Enge und von 1999 bis 2003 an der Kantonsschule Limmattal als Lehrbeauftragter tätig. Zudem übernahm er ab 1998 einen Lehrauftrag für das Fach Deutsch an der Kantonsschule Wiedikon, wo er ab 2000 unbefristet unterrichtete. Seit 2013 ist Michel Bourquin Prorektor der Kantonsschule Wiedikon.

Michel Bourquin tritt rückwirkend per 1. Januar 2022 die Nachfolge von Martin Andermatt an, der im Dezember 2021 während eines Ferienaufenthalts in Spanien tödlich verunglückte.